Institut für nationale und internationale Angelegenheiten der Pflanzengesundheit
Genomsequenzierung (whole genome sequencing, WGS) und Werkzeuge der vergleichenden Genomik gewinnen in der Pflanzengesundheit an Bedeutung, da sie effizienteres Ausbruchsmanagement sowie schnellere Entwicklung diagnostischer Tests ermöglichen.In den letzten Jahren haben Technologien wie die Nanopore-Sequenzierung Genomsequenzierung für Labore mit geringerem Probendurchsatz zugänglicher gemacht, die gelegentlich Bedarf für Genomsequenzierung haben.Spezifische EPPO-Standards für Genomsequenzierung existieren bislang nicht, und es gibt nur begrenzt Daten zur Vorgehensweise der verschiedenen Labore im Bereich Pflanzengesundheit.Labore verwenden unterschiedliche Pipelines für WGS, was die Endergebnisse der Sequenzierung beeinflussen kann. Diese Unterschiede bestehen sowohl im praktischen Laborteil als auch im bioinformatischen Teil der Pipeline. Wesentliche Schritte sind die DNA-Extraktion, die Bibliotheksvorbereitung, die Sequenzierungstechnologie und die bioinformatische Analyse. Die DNA-Extraktionsmethode hat Auswirkungen auf die Größe der extrahierten DNA und kann zu Kontaminationen führen, die sich auf die Bibliotheksvorbereitung auswirken. Die am häufigsten verwendeten Sequenzierungstechnologien sind derzeit Illumina, Nanopore und PacBio. Illumina-Sequenzierung erzeugt kurze Reads mit hoher Genauigkeit, während Nanopore und PacBio-Sequenzierung längere Reads erzeugen. Eine häufig verwendete Strategie zur Gewinnung vollständiger Genome mit hoher Genauigkeit ist die Kombination von kurzen und langen Reads.Aufgrund der weit verbreiteten Anwendung von Genomsequenzierung besteht ein erhöhter Bedarf für einen EPPO-Standard für Genomsequenzierung und bioinformatische Analyse-Pipelines für phytopathogene Bakterien. Ein solcher Standard kann die Qualität der durch Genomsequenzierung erhaltenen Daten verbessern und Genomvergleiche erleichtern, was die Anwendung von Genomsequenzierung in der Pflanzengesundheit weiter fördern könnte.
Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft
