Für eine nachhaltige Pflanzenproduktion müssen Produktionsmittel wie Dünger, Saatgut oder Pflanzenschutzmittel möglichst optimal eingesetzt werden – das bedeutet, ihren Einsatz ggf. zu regulieren oder zu begrenzen, aber vor allem alternative, umweltschonende und ökonomisch tragfähige Methoden zu entwickeln.

Als Grundlagen für einen umfassenden Ressourcenschutz ermittelt und bewertet das JKI den Status quo in der Fläche. Dafür werden z. B. potenzielle Auswirkungen der Pflanzenproduktion auf Umwelt und Klima erfasst und langfristig beobachtet. Daraus lassen sich Empfehlungen zum Einsatz von Produktionsmitteln wie Pflanzenschutz- und Düngemittel ableiten und Ansätze für neue, nachhaltige Anbausysteme entwickeln. Im Mittelpunkt stehen dabei die Auswirkungen des Produktionsmitteleinsatzes und der gewählten Produktionsverfahren auf die Ressourcen Wasser, Luft, Boden, Klima, aber auch auf Tiere, Pflanzen, Mikroorganismen und deren Lebensgemeinschaften.

Neben den jeweiligen Einzelmaßnahmen muss dazu das gesamte Anbausystem  in den Blick genommen und bewertet werden. Daraus lässt sich anschließend eine Nutzen-Risiko-Abwägung erstellen.