JKI und Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg (MLU) Sieger der Endrunde
Am Wettbewerb „ENCODE-DREAM in vivo Transcription Factor Binding Site Prediction Challenge“ behauptete sich ein Bioinformatik-Trio des Julius Kühn-Instituts (JKI) und der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg (MLU) gegen 40 unabhängige Mitbewerber aus aller Welt. In der ersten und zweiten Runde dieses Wettbewerbs erzielte das J-Team jeweils einen guten zweiten Platz. Insgesamt konnte es sich jedoch in der Endwertung auf Platz 1 setzen. Ein toller Erfolg.
Dem J-Team gelang die beste Methode, Bindungsstellen für Transkriptionsfaktoren in verschiedenen Zelltypen vorherzusagen. Transkriptionsfaktoren sind Proteine, die an bestimmten Stellen im Genom binden und so Gene an- oder abschalten. Dabei wird die Bindung der Transkriptionsfaktoren durch Muster im Genom bestimmt. Außerdem spielt die Zugänglichkeit der DNA eine Rolle, die vom Zelltyp abhängig ist. Den Bioinformatikern Stefan Posch, Jan Grau (beide MLU) und Jens Keilwagen (JKI) ist es mit ihrem Modell gelungen, relativ viele dieser Bindungsstellen zelltypspezifisch vorherzusagen.
Cell, eines der führenden Journale im Bereich Biologie und Biomedizin, ist Partner der DREAM Wettbewerbe und unterstützt die Einreichung eines Übersichtsartikels, der den Teilwettbewerb "ENCODE-DREAM in vivo Transcription Factor Binding Site Prediction Challenge" sowie die gewonnen Erkenntnisse daraus beschreibt. Die Topteams des Challenge sind eingeladen und werden finanziell unterstützt, um ihre Arbeiten auf der Konferenz „RECOMB/ISCB Regulatory and Systems Genomics/DREAM“ zur präsentieren.Seit 2006 werden zu aktuellen Fragen und Aspekten der Bioinformatik DREAM-Challenges für Wissenschaftler aus aller Welt ausgerufen.
Ausführliche Information (englisch): https://www.synapse.org/ENCODE
Zum Gewinnerteam (englisch): https://www.synapse.org/#!Synapse:syn6131484/wiki/402031
Hintergrund zu DREAM-Challenges
Wettbewerb erzeugt Fortschritt und fördert Vernetzung. Das haben die Initiatoren der so genannten DREAM-Challenges im Hinterkopf, wenn sie Wissenschaftler aus der ganzen Welt zur Teilnahme an ihren seit 2006 stattfindenden Bioinformatik-Wettbewerben aufrufen. Jede Challenge stellt eine aktuelle bioinformatische Aufgabe dar, für die neue Lösungsansätze gesucht werden. DREAM-Challenges tragen dazu bei, das auf der ganzen Welt verteilte Wissen zur Verarbeitung von biologischen Daten zusammen zu führen, Methoden weiter zu entwickeln und verfügbar zu machen etwa in Datenbanken.