Das JKI beschäftigt aktuell mehr als 1.300 Personen, davon rund 500 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler. Diese arbeiten in 18 Fachinstituten am Hauptsitz Quedlinburg sowie an acht weiteren Standorten (Braunschweig, Berlin, Kleinmachnow, Dresden-Pillnitz, Dossenheim, Groß Lüsewitz, Siebeldingen und Münster). Die 18 Fachinstitute des JKI sind drei Fachbereichen zugeordnet:

• Pflanzengenetische Vielfalt, Züchtungsforschung
• Schutz der Kulturpflanzen
• Agrarökosysteme

Institutsübergreifend wirken die „Zentralabteilung“, die Abteilungen „Gesetzliche Aufgaben und Recht“ und „Digitalisierung/Künstliche Intelligenz“ sowie die Organisationseinheit „Kommunikation“. Die „Zentralen Versuchsfelder“ bewirtschaften ca. 600 Hektar Anbaufläche an verschiedenen JKI-Standorten.

Dem JKI als Bundesoberbehörde sind die Aufgaben gesetzlich vorgegeben. Aus der engen Verzahnung von Forschung und gesetzlichen Aufgaben ergeben sich Synergieeffekte für die Bearbeitung aktueller Forschungsvorhaben, die Politikberatung und die Prüfungs- und Bewertungsaufgaben des JKI.

Die Grundfinanzierung des JKI erfolgt über den Bundeshaushalt. Darüber hinaus werben die JKI-Institute weitere Geldmittel für Forschungsprojekte (sog. Drittmittel) im nationalen und internationalen Wettbewerb ein.

Die präsidiale Struktur, ein fester Haushalt sowie Stammpersonal ermöglichen die Bearbeitung langfristiger Forschungsthemen, und bilden die Voraussetzung dafür, dass in der Forschung vorausschauend agiert sowie adäquat und zeitnah reagiert werden kann, wenn akute Fragen aus der Politik gestellt werden oder gesellschaftliche Veränderungen dies erforderlich machen.

Das Julius Kühn-Institut wurde 2008 gegründet. Unsere Kompetenz in allen Fragen zu Kulturpflanzen entlang der gesamten Wertschöpfungskette im Agrarökosystem hat jedoch eine wesentlich längere Tradition, da im JKI drei Vorgängerorganisationen mit langer Historie in Pflanzenzüchtungsforschung, Pflanzenschutz und Pflanzenbau zusammengeführt wurden.