Das JKI betreibt zahlreiche zusätzliche Webseiten, die wir als Wissensportale bezeichnen. Sie richten sich an unterschiedliche Zielgruppen und sollen Informationen gezielt und schnell zur Verfügung stellen. Einige Portale stellen umfangreiche und umfassende Informationen zu bestimmten Themen bereit wie z. B. zur Pflanzengesundheit. Andere Portale beinhalten spezielle national und international ausgerichtete Datenbanken (z. B. zu pflanzengenetischen Ressourcen), die am JKI aufgebaut und/oder gepflegt werden. Literaturdatenbanken, Austauschplattformen oder Themen, die aktuell im Fokus stehen (z. B. Kirschessigfliege) sind weitere Kriterien, die zu Wissensportalen führen können.