Am 21. August 2025 verteidigte Frau Lea Schäfer an der Technischen Universität Darmstadt ihre mit „summa cum laude“ bewertete Doktorarbeit mit dem Titel „Unravelling the Genome Sequence and Architecture of Insect-Associated Members of the Bacillus cereus Sensu Lato Group“. Ihre kumulative Arbeit umfasst vier Peer-Review-Publikationen, die im Rahmen des JKI-internen Projekts BioSam erstellt wurden. In ihrer Dissertation beschäftigte sich Frau Schäfer maßgeblich mit der Sequenzierung des sporenbildenden Bakteriums Bacillus thuringiensis subsp. tenebrionis (Btt), dessen Endotoxin Cry3Aa eine insektizide Wirkung besitzt. Es wurde 1982 an der Biologischen Bundesanstalt in Darmstadt entdeckt und wird seit den 1990er Jahren als biologisches Pflanzenschutzmittel zur Bekämpfung des Kartoffelkäfers eingesetzt. Während ihrer Forschung untersuchte Frau Schäfer mittels Genomsequenzierung verschiedene in der Deutschen Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) sowie der Stammsammlung des Instituts für Biologischen Pflanzenschutz hinterlegte Stämme des Btt. In ihre Analysen bezog sie auch den kommerziell eingesetzten Stamm des Btt mit ein. Frau Schäfer gelang die lückenlose Entschlüsselung aller Genome, d.h. des Chromosoms und den extrachromosomalen Elementen. Für dieses Meisterstück entwickelt Frau Schäfer eigenständig einen neuen bioinformatischen Workflow, der einen Schwerpunkt ihrer Arbeit bildete und als eigenes Kapitel veröffentlicht wurde Dank ihrer hervorragenden Arbeit konnten erstmals die genomischen Eigenschaften von Btt - vom Ursprungsisolat bis zum heutigen Produktionsstamm - rekonstruiert werden. Ihre Analysen geben wertvolle Einblicke in die genetische Stabilität von Btt und spielen eine wichtige Rolle bei der Wiederzulassung des Btt. Wir gratulieren Frau Dr. Lea Schäfer herzlich!
- Schäfer, L., Volk, F., Kleespies, R.G., Jehle, J.A., and Wennmann, J.T. (2023). Elucidating the genomic history of commercially used Bacillus thuringiensis subsp. tenebrionis strain NB176. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 13, 209. doi: 10.3389/fcimb.2023.1129177.
- Schäfer, L., Jehle, J.A., Kleespies, R.G., and Wennmann, J.T. (2024). A practical guide and Galaxy workflow to avoid inter-plasmidic repeat collapse and false gene loss in Unicycler’s hybrid assemblies. Microbial Genomics 10(1), 001173. doi: 10.1099/mgen.0.001173.
- Schäfer, L., Jehle, J.A., Kleespies, R.G., and Wennmann, J.T. (2024). The genome history of Bacillus thuringiensis subsp. tenebrionis: From discovery to present day product. Journal of Applied Entomology 148, 9. doi: 10.1111/jen.13325.
- Schäfer, L., Jehle, J.A., Kleespies, R.G., and Wennmann, J.T. (2024). Pathogens of the oak processionary moth Thaumetopoea processionea: Developing a user-friendly bioassay system and metagenome analyses for microorganisms. Journal of Invertebrate Pathology, 108121. doi: 10.1016/j.jip.2024.108121.