Mit den Pflanzenschutzdiensten der 16 Bundesländer arbeiten wir in fachlichen Fragen der Ausgestaltung und Durchführung von pflanzengesundheitlichen Regelungen intensiv zusammen. Wir fördern die einheitliche Durchführung von Ein- und Ausfuhrkontrollen sowie Überwachungs- und Bekämpfungsmaßnahmen innerhalb Deutschlands, indem harmonisierte Handlungsgrundlagen oder amtliche Leitlinien (z. B. Kompendium zur Pflanzengesundheitskontrolle, Leitlinien zur Bekämpfung bestimmter Schadorganismen) bereitgestellt werden. Die Pflanzenschutzdienste in Deutschland berücksichtigen diese als Anleitungen, um Maßnahmen der EU-Verordnung durchzuführen. Ferner stimmen wir die in internationalen Gremien vertretenen Positionen in Deutschland mit den Pflanzenschutzdiensten der Bundesländer ab.

Unser Wissensportal „Pflanzengesundheit“ stellt allen Bürgern, Firmen und den Pflanzenschutzdiensten im In- und Ausland umfassende Informationen zur Verfügung. Diese betreffen Einfuhrregelungen Deutschlands, der EU und anderer Staaten, gefährliche Schadorganismen von Pflanzen oder die nationale Organisation der pflanzengesundheitlichen Behörden in Deutschland.

Auf der Grundlage der EU-Verordnung über amtliche Kontrollen nutzen die Mitgliedstaaten der EU zur Frühwarnung bei Ausbrüchen das digitale Kommunikationssystem EUROPHYT. Mit ihm informieren sich die zuständigen Behörden in der EU über mögliche Risiken durch neue oder bereits geregelte Schadorganismen. Befallsquellen können so leichter ausfindig gemacht und Gegenmaßnahmen rechtzeitig ergriffen werden. Unser Institut ist maßgeblich an der Informationsweitergabe beim Aufspüren von Befallsquellen von Ausbrüchen und von befallenen Sendungen beteiligt. Die Basis für das System sind die Meldungen der Pflanzenschutzdienste über neue oder bereits geregelte Schadorganismen, die sie an Warensendungen oder in Pflanzenbeständen feststellen. Die Meldungen der Pflanzenschutzdienste werden in einer Datenbank erfasst.