Neben den Sammlungen von Reb- und Obstsorten in den JKI-eigenen Genbanken gibt es am JKI noch zahlreiche weitere Organismensammlungen. Sie liefern das Ausgangsmaterial für eine Vielzahl an Experimenten und Feldversuchen und dienen als Referenz bei der Bestimmung neu gesammelter Proben.

Dabei handelt es sich größtenteils um Sammlungen von krankheitserregenden Mikroorganismen wie Phytoplasmen, Bakterien sowie pflanzenpathogene Pilze und zahlreiche Pflanzenviren. Korrespondierend zur Virussammlung verfügen wir über eine umfangreiche Antiseren-Sammlung, die zum Virusnachweis nötig ist. Auch Tiersammlungen finden sich am JKI, etwa von Nematoden und Schadinsekten aus dem forstlichen oder gartenbaulichen Bereich.

Eine weitere Spezialität ist die Erhaltungszucht von Blattläusen, die durch weitere virusübertragende Insekten (Zikaden) ergänzt wird, sowie ein umfangreiches Sortiment von Vorratsschädlingen am Standort Berlin. An einigen Standorten halten wir so genannte Nützlinge vor, die zur Bekämpfung von Schadorganismen eingesetzt werden.

An unserem Standort Braunschweig existiert eine Sammlung von Wildkrautsamen und wir pflegen einen Unkrautgarten, in dem etwa 150 der häufigsten heimischen Wildkräuter erhalten werden. Einige von ihnen zählen bereits zu den seltenen Arten, da sich ihre Habitate in der Kulturlandschaft stark gewandelt haben.