Der Aufbau der Deutschen Genbank Obst (DGO) erfolgte, um die Nutzung obstgenetischer Ressourcen in Deutschland langfristig und effizient zu sichern und deren Verfügbarkeit für Forschung, Züchtung sowie obstbauliche und landschaftsgestaltende Zwecke gewährleisten zu können. Die DGO besteht aus einem nationalen Netzwerk zur Erhaltung obstgenetischer Ressourcen. Sie ist dezentral tätig, so dass staatliche und nichtstaatliche Organisationen in dem Netzwerk mitarbeiten können. Die zentrale Koordinierungsstelle des nationalen Genbanknetzwerkes liegt im Auftrag des Bundesministeriums für Ernährung und  Landwirtschaft beim JKI-Institut für Züchtungsforschung an Obst in Dresden-Pillnitz, das selbst eine sehr große Sammlung als Obstgenbank bearbeitet. In Zusammenarbeit mit dem Koordinierungs- und Informationszentrum für Biologische Vielfalt (IBV) der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE) wurden Kooperationsvereinbarungen erstellt, um die Netzwerke für die Obstarten Kirsche, Erdbeere, Apfel, Pflaume und Rubus als Bestandteile der Deutschen Genbank Obst zu etablieren und zu betreiben. Die Träger der Deutschen Genbank Obst sind Bundes- und Landeseinrichtungen sowie Landkreise und Städte. Ein Fachbeirat begleitet die Arbeit der Deutschen Genbank Obst.