Es ist verboten, bestimmte Lebensmittel oder Produkte, die aus geschützten Pflanzen und Tierarten bestehen, in andere Länder einführen oder von einer Reise als Souvenir mit nach Hause bringen (Schlangenledertaschen, Wurstwaren, u.v.m.). Sie werden bei Kontrollen am Flughafen beschlagnahmt. Im weltweiten Handel von Pflanzen oder Erzeugnissen aus Pflanzen gelten sehr umfangreiche strenge Regelungen, die beim Aus- und Einfuhr eingehalten werden müssen.
An der Entscheidung, ob bestimmte Pflanzen oder Erzeugnisse aus Pflanzen wie Zierpflanzen oder Kartoffeln reguliert werden müssen, und wann dies nötig wird, wirkt das JKI als Bundesbehörde maßgeblich mit. Im Auftrag der Bundesregierung erarbeitet das JKI Vorschläge für so genannte pflanzengesundheitliche Maßnahmen gegen die Einschleppung und Verbreitung von Schadorganismen und zum Erhalt der Pflanzengesundheit. Hierzu gehören Einfuhr- und Ausfuhrkontrollen oder Produktionsauflagen und Kontrollen in den Herstellerländern. Werden befallene Pflanzen bei Einfuhrkontrollen entdeckt, müssen sie und vorsorglich ggf. auch benachbarte Pflanzen vernichtet werden – eine durchaus gängige Praxis. Die Probenahme und die anschließende Diagnose der betreffenden Schaderreger erfolgt nach standardisierten Prozeduren. Ebenso muss die vorgeschriebene Behandlung von Warensendungen/Produkten etwa mit Wärme, Kälte oder eine Begasung festgelegten Standards entsprechen. Ziel ist hier immer, alle Krankheitserreger abzutöten. Diese fachlichen Standards und Regeln sind in Richtlinien, Protokollen, Anordnungen oder Gesetzen festgelegt werden, an denen das JKI mitwirkt.
Das JKI führt Forschungsarbeiten und umfassende Datenrecherchen zu neuen Schaderregern an Kulturpflanzen durch. Diese Arbeiten bilden die Basis, um Regelungen und Standards zu erarbeiten. Mit Hilfe von Risikoanalysen wird das Schadenspotential eines Organismus nach einer möglichen Einschleppung ermittelt und Maßnahmen zum Schutz vor diesem Schadorganismus identifiziert. Für einige Quarantäneschadorganismen erfüllt das Institut die Funktion eines Referenzlabors. Hierdurch werden die Untersuchungsergebnisse der Bundesländer abgesichert.
Auf nationaler Ebene hat das JKI eine koordinierende Funktion. Wird in einem Bundesland der Befall mit einem Quarantäneschaderreger festgestellt, melden dies die Kolleginnen und Kollegen der Pflanzenschutzdienste der Bundesländer dem JKI. Das JKI hilft bei der Diagnose des Erregers und berät die Länder, wie die pflanzengesundheitlichen Maßnahmen durchzuführen sind. Bei der Aufklärung der Bevölkerung leistet das JKI Hilfestellung, zum Beispiel mit Informationsfaltblättern.
Die Handelszone der EU will sich vor Eindringlingen schützen. Als deutscher Knotenpunkt des europäischen Frühwarnsystems informiert das JKI die zuständigen Behörden der EU-Mitgliedstaaten und der EU-Kommission, wenn gefährliche Schadorganismen in Deutschland auftreten. Ebenso warnen wir diese Institutionen, wenn die deutschen Behörden befallene Sendungen identifiziert haben, die nicht in die EU eingeführt oder innerhalb der EU gehandelt werden dürfen.
Das JKI vertritt Deutschland in denjenigen Gremien der EU, die phytosanitäre Standards und Regelungen für den Handelsraum festlegen, so beispielsweise in der Europäischen und Mediterranen Pflanzenschutzorganisation EPPO. Die EPPO führt auf ihrer Webseite eine Warnliste (Alert List) von Organismen, die schädlich für Pflanzen in der EPPO-Region sein könnten. Sie trägt damit zu einem Frühwarnsystem bei, um den Gefahren für Kultur- und Wildpflanzen rechtzeitig vorbeugen zu können. Die Schadorganismen auf der Alert List werden von der EPPO ausgewählt. Kriterien für die Auswahl sind z. B. neue Ausbrüche oder zunehmende Ausbreitung von Schadorganismen oder neue wissenschaftliche Erkenntnisse.
Tendenziell ist zu beobachten, dass durch den steigenden internationalen Warenfluss pflanzengesundheitliche Regelungen zunehmen und notwendige Maßnahmen strenger werden. Manch ein Schadorganismus bringt es auf der Skala der Bösewichte soweit nach oben, dass sich weltweit Vertreter vieler Länder an einen Tisch setzen, um sich auf international gültige Maßnahmen zu einigen. Einer dieser Schaderreger ist der Asiatische Laubholzbockkäfer, Anoplophora glabripennis. Er reist - als Larve versteckt - im Verpackungsholz (Paletten) um die Welt. Als Verpackungsholz wird in der Regel minderwertiges Holz verwendet, um im internationalen Güterverkehr die Waren (Granitplatten, Kühlschränke, u.v.m.) zu schützen. Solche Hölzer sind oft von Schadorganismen (Insekten, Nematoden, Pilzen) befallen.
Viele Länder hatten in der Vergangenheit Importvorschriften erlassen, um eine Einschleppung von Schadorganismen zu verhindern. Um diese Einfuhrvorschriften zu harmonisieren, wurde im Rahmen des Internationalen Pflanzenschutzabkommens (IPPC) im Jahre 2003 der „Internationale Standard für Phytosanitäre Maßnahmen Nr. 15“ mit dem Titel „Richtlinien zur Regulierung von Holzverpackungen im Internationalen Handel“ – kurz ISPM 15 - veröffentlicht. Der ISPM 15 wird inzwischen von den 181 IPPC-Vertragsstaaten umgesetzt. In Deutschland sind die relevanten Anforderungen in der Pflanzenbeschauverordnung (PBVO) verankert. Die Richtlinie 2000/29/EG enthält die für alle EU-Staaten verbindliche Rechtsgrundlage zur Umsetzung der Verpackungsholzanforderungen für die Einfuhr.