Bei allen Bestrebungen krankheitsresistente Sorten zu entwickeln bzw. die Pflanzen mit allen möglichen Eigenschaften auszustatten, darf man ein Hauptziel nicht aus den Augen verlieren, nämlich dass sie weiterhin geeignet für die Verarbeitung und den Verzehrt sein sollen. Es nützt der robusteste Apfel nichts, wenn er nicht schmeckt oder der trockenstresstoleranteste Weizen, wenn er sich nicht zum
Backen eignet. Deshalb gibt es am JKI züchtungsbegleitende Forschung zu Aromen und Inhaltstoffen.
Dabei stehen Fragen des Genuss- und Gesundheitswertes, des Gehaltes an Wirkstoffkomponenten sowie die farbliche Vielfalt zahlreicher pflanzlicher Lebensmittel im Fokus der Untersuchungen. Die Obst- und Rebenzüchter lassen beispielsweise neue Kandidaten von einer trainierten Sensorikgruppe verkosten und parallel Aromaprofile erstellen. Zur Qualitätsbewertung neuer Rebsorten werden vor allem wesentliche Most- und Weininhaltsstoffe (Alkohol, Zucker, Säuren, Stickstoffverbindungen), deren Farbstoffe und Aromen bestimmt.
Bei Arzneipflanzen werden die Gehalte der wertgebenden Inhaltstoffe wie ätherische Öle verglichen. Bei Kartoffeln geht es um Stärkegehalte, bei Leguminosen um Proteingehalte. Flüchtige Substanzen spielen eine Rolle, wenn es um die Attraktivität von Pflanzen für Insekten oder andere Schädlinge geht. Hier ergibt sich mit der ökologischen Chemie eine Querverbindung zum Thema alternativer Pflanzenschutz. Es besteht eine enge Verknüpfung dieser spezialisierten Arbeitsgruppen mit anderen Instituten des JKI im Rahmen von Forschungsprojekten.